พระที่นั่งทรงธรรม เดิมเป็นตำหนักไม้ที่ประทับของสมเด็จพระรูปฯ ก่อนรัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้ทรงพระราชทานนามว่า "พระที่นั่งทรงธรรม" เพราะสมเด็จพระรูปฯ เมื่อคราวบวชชีได้ทรงฟังธรรมในที่นั้นเป็นประจำ ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดเกล้าฯ ให้สร้างเป็นวิหารอาคารก่ออิฐถือปูน มีรูปทรงดังปรากฏในปัจจุบัน ในคราวบูรณะใหญ่ปี พ.ศ. 2538 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีทรงพระราชทานพระนามาภิไธยย่อ (สธ) ไว้ที่หน้าบัน
เจดีย์ราย ลักษณะเป็นเจดีย์ก่ออิฐถือปูนย่อมุมไม้สิบสอง ฐานเจดีย์เป็นฐานสิงห์ซ้อนกัน 2 ชั้น องค์ระฆังขนาดเล็กมีบัวหงายรองรับปากระฆัง ส่วนยอดมีบัลลังก์สี่เหลี่ยมรองรับชุดบัวกลุ่มเถา เจดีย์รายเหล่านี้ส่วนใหญ่อยู่ในสภาพชำรุด
พระวิหารคต เป็นอาคารก่ออิฐถือปูน หลังคาเครื่องไม้มุงกระเบื้อง สร้างขึ้นล้อมรอบพระปรางค์เป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ขนาดกว้างประมาณ 27 เมตร ยาว 37 เมตร ผนังด้านนอกปิดทึบ ด้านในเปิดโล่ง ภายในประดิษฐานพระพุทธรูปนั่งเรียงรายโดยรอบ กุฏิไม้ทรงไทย เป็นอาคารไม้ขนาดใหญ่ทรงไทยยกพื้นสูง ด้านข้างแบ่งเป็นห้องสำหรับพระภิกษุจำพรรษา ตรงกลางเป็นชานโล่ง สร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 1 พระตำหนักไม้ เป็นเรือนไม้ทรงไทยขนาดใหญ่ยกพื้นสูง ขนาดกว้าง 11.50 เมตร ยาว 19.55 เมตร สูงประมาณ 15 เมตร หลังคาเครื่องไม้มุงกระเบื้อง มีช่อฟ้าใบระกาหางหงส์ไม้ประดับกระจก หน้าบันมีลวดลายกระจกประดับ ฝาไม้ลูกประกน
